Matjaz Kek è nato a Maribor (Slovenia) il 9 settembre 1961. Dopo una carriera da giocatore con le maglie di Maribor ha intrapreso la carriera tecnica nel 2000/01 con il Maribor, dove è rimasto fino al 2005/06, vincendo 3 scudetti sloveni (2001, 2002 e 2003) ed 1 coppa nazionale (2004).
Entrato nei quadri federali, ha allenato la selezione nazionale Under 15 ed Under 16, prima di assumere, dal 2007, la guida della nazionale maggiore del suo paese.