Javier Aguirre Onaindia è nato a Città del Messico l’1 dicembre 1958. Aguirre ha intrapreso la carriera tecnica a partire dalla stagione 1995/96, ma in precedenza è stato calciatore di discreto livello – ruolo difensore -, tanto da poter contare 59 presenze con 13 reti nella nazionale maggiore messicana.
Nella primavera 2009 viene chiamato al capezzale della nazionale messicana, al posto di Sven Goran Eriksson, dopo un avvio di qualificazioni Mondiali pessimo. Aguirre riuscirà ad invertire ben presto la rotta e qualificare il Messico a Sudafrica 2010.